【令和8年度税制改正】インボイス3割特例とは？2割特例との違いと適用判定6つのチェックポイント

インボイス制度の開始に伴い、多くの小規模事業者の消費税負担を軽減してきた「2割特例」は、令和8年9月30日の属する課税期間をもって終了します（個人事業者は令和8年分の申告が最後です）。

その後継措置として、令和8年度税制改正で創設されたのが「3割特例」です。納付税額を売上税額の3割に抑えられる経過措置ですが、2割特例とは対象者・適用期間が異なるため、「うちはまだ使えるのか？」という判定を誤ると申告誤りに直結します。

本記事では、3割特例の概要と2割特例との違い、そして適用可否を判定するための6つのチェックポイントを、税理士がわかりやすく解説します。

1. 3割特例とは？　制度の概要

3割特例とは、インボイス（適格請求書）発行事業者の登録を行ったことにより、免税事業者から課税事業者となった個人事業者を対象に、消費税の納付税額を「売上税額の3割」とすることができる経過措置です（28年改正法附則51の3）。

2割特例と同じく、売上（収入）さえ把握できれば仕入税額の集計が不要なため、事務負担が大幅に軽減されます。事前の届出は不要で、確定申告の際に申告書上で選択するだけで適用できる点も2割特例と共通です。

対象となるのは個人事業者の令和9年分・令和10年分の2年間のみです。2割特例と異なり、法人は適用できません。

2. 2割特例との違いを比較表で確認

項目	2割特例	3割特例
対象者	個人事業者・法人	個人事業者のみ
適用期間	令和5年10月1日〜令和8年9月30日の属する各課税期間 （個人は令和5年分〜令和8年分）	令和9年分・令和10年分の2年間
納付税額	売上税額の2割	売上税額の3割
事前届出	不要（申告時に選択）	不要（申告時に選択）
適用可否の判定	課税期間ごとに判定	課税期間ごとに判定

基本的な仕組みは2割特例を引き継いでいますが、「個人事業者のみ」「2年間限定」「負担割合が2割→3割に上昇」の3点が大きな違いです。インボイス登録を機に課税事業者となった法人は、令和8年10月1日以後に開始する課税期間から本則課税または簡易課税での申告となるため、早めの方針検討が必要です。

3. 適用判定の6つのチェックポイント

3割特例を適用できるかどうかは、次の6つの条件で判定します。チェックリスト形式にまとめました。

3割特例　適用判定フローも作りましたので、こちらのフローもご確認ください。

※国内の事業者を前提とした概要フローです。個別の事情により判定が異なる場合がありますので、詳細は国税庁インボイスQ&A（問115-2「3割特例の適用ができない課税期間」）もあわせてご確認ください。

4. 適用できない主なケース

実務で特に注意したいのは、次のようなケースです。

① 基準期間の課税売上高が1,000万円を超える年
たとえば令和7年分の課税売上高が1,000万円を超えた場合、令和9年分はインボイス登録の有無にかかわらず課税事業者となるため、3割特例は適用できません。「令和9年・10年は自動的に使える」わけではなく、毎年判定が必要です。

② 課税事業者選択届出書を提出して課税事業者となっている場合
インボイス登録を機に課税事業者となったのではなく、自ら課税事業者を選択していた場合には、調整対象固定資産の取得に伴う「3年縛り」の期間中は適用できません。還付申告のために課税事業者を選択した経緯がある方は要注意です。

③ 相続によりみなし登録を受けている場合等
被相続人の事業を承継した場合の納税義務判定は元々複雑ですが、3割特例の適用可否にも影響します。相続のタイミング（登録開始日の前日までかどうか）によって結論が変わるため、慎重な確認が必要です。

5. 実務上の注意点（簡易課税への移行も視野に）

3割特例は令和10年分で終了します。令和11年分以降は本則課税か簡易課税かを選択することになるため、卸売業・小売業など簡易課税のみなし仕入率が高い業種では、3割特例の期間中から簡易課税との有利不利を試算しておくことをおすすめします。

なお、令和8年度税制改正では、2割特例・3割特例の適用を受けた翌課税期間から簡易課税制度の適用を受けようとする場合、その翌課税期間に係る確定申告期限までに簡易課税制度選択届出書を提出すればよいこととする手続きの緩和も行われています（28年改正法附則51の2⑥・51の3⑤）。たとえば、令和7年分まで2割特例で申告していた個人事業者が、令和8年分の確定申告期限（令和9年3月31日）までに届出書を提出すれば、令和8年分から簡易課税を適用できます。

ただし、適用を受けた課税期間の翌課税期間が令和8年9月30日以前に終了する場合（法人の一部の決算期）は、従来どおり「その翌課税期間中」の提出が必要となる点に注意が必要です。届出失念の救済余地は広がりましたが、申告のタイミングで翌年の方針もセットで確認する習慣をつけましょう。

6. まとめ

• 3割特例は2割特例の後継措置で、納付税額は売上税額の3割
• 対象は個人事業者のみ・令和9年分と令和10年分の2年間限定（法人は対象外）
• 適用可否は毎年（課税期間ごとに）判定が必要。基準期間の売上1,000万円超、課税事業者選択届出書の提出歴、相続、課税期間短縮などに注意
• 特例終了後を見据え、簡易課税との有利不利の試算と届出管理を早めに

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※本記事は令和8年6月時点の法令・公表情報に基づいて作成しています。今後の法令改正等により取扱いが変更される可能性がありますので、最新の情報をご確認ください。