青色申告特別控除75万円は届出が必要。freee・マネーフォワードの設定方法も解説

個人事業主の節税の柱である青色申告特別控除が、令和8年度税制改正により大きく変わります。令和9年分の所得税から、控除額は「75万円・65万円・10万円」の3段階に再編されます。

注目されがちなのは「最大75万円へ増額」というプラス面ですが、実務でより重要なのは2つの落とし穴です。

1. 75万円控除には税務署への届出書の提出が必要
2. 従来の55万円控除が廃止され、紙で申告している方は10万円まで大幅に下がる

本記事では、改正の全体像に加えて、freee会計・マネーフォワード クラウドでの具体的な設定方法まで、税理士の視点で整理します。

1. 令和9年分から控除額は3段階に

まず、改正前後で何がどう変わるのかを整理します。令和8年分までの控除額は「65万円・55万円・10万円」ですが、令和9年分以後は「75万円・65万円・10万円」に見直されます（措法25条の2）。

要件	改正前 （令和8年分まで）	改正後 （令和9年分以後）
複式簿記＋e-Tax申告＋優良な電子帳簿保存 又は 複式簿記＋e-Tax申告＋デジタルシームレス保存	—	75万円
複式簿記＋e-Tax申告	65万円	65万円
複式簿記＋優良な電子帳簿保存 （書面申告）	65万円	—
複式簿記（書面申告）	55万円	10万円
簡易簿記	10万円	10万円 （収入金額要件あり）

⚠️ 最大の注意点：紙で申告している方は「55万円→10万円」

これまで複式簿記で記帳し、書面（紙）で申告して55万円控除を受けていた方は、改正後は10万円控除になります。控除額が一気に45万円下がる計算です。所得税率10％・住民税10％の方でも年間9万円程度の負担増となり、影響は決して小さくありません。控除額を維持・拡大するには、e-Taxへの切り替えが事実上必須となります。

💡 実務メモ：簡易簿記の10万円控除にも「収入金額要件」が新設

簡易簿記による10万円控除については、控除額こそ据え置かれるものの、不動産所得又は事業所得に係る収入金額要件等が設けられ、要件が強化されます。具体的には、前々年分の事業所得又は不動産所得に係る収入金額が1,000万円以下である場合に限られる方向です。一定規模以上の事業を営みながら簡易簿記で済ませている方は、複式簿記への移行を検討する必要があります。

2. 75万円控除の要件——2つのルート

75万円控除を受けるには、まず改正後の65万円控除の要件（複式簿記＋期限内のe-Tax申告）を満たしたうえで、さらに次のいずれかの要件を満たす必要があります（措法25条の2⑤）。

ルート②の「国税庁長官が定める基準に適合する特定電子計算機処理システム」とは、デジタル庁が管理する仕様に従ったデジタルインボイス、又は預貯金口座における決済データのいずれかの電子取引データを、上記の要件に従って保存できるシステムを指します。

✅ 個人事業者は「①優良な電子帳簿保存」での対応が一般的に

ルート②は、デジタルインボイスや決済データの連携が前提となる比較的複雑な要件です。そのため、多くの個人事業者にとってはルート①の優良な電子帳簿保存で対応するケースが一般的になると見込まれます。適用開始までに、要件を満たす会計システムの導入等の事前準備が求められます。

「優良な電子帳簿」とは何か

優良な電子帳簿として認められるには、通常の電子帳簿の要件に加えて、次のような要件を満たす必要があります。手作業で満たすことは事実上困難なため、実務では対応した会計ソフトを利用することになります。

💡 実務メモ：会計ソフト選びは「JIIMA認証」を目印に

法的要件を満たした会計ソフトかどうかは、国税庁ホームページの「JIIMA認証情報リスト」から確認できます。現在お使いのソフトが優良な電子帳簿に対応しているか、また対応していても設定が有効になっているかを、この機会に確認しておくことをおすすめします。なお、優良な電子帳簿には、青色申告特別控除とは別に過少申告加算税が5％軽減されるというメリットもあります。

出典：
国税庁「優良な電子帳簿の要件」https://www.nta.go.jp/law/joho-zeikaishaku/sonota/jirei/05.htm

3. freee・マネーフォワードでの具体的な対応方法

「優良な電子帳簿」と言われても、実際に何をすればよいのかがわかりにくいところです。ここでは、当事務所の顧問先でも利用の多いfreee会計とマネーフォワード クラウド確定申告について、対応の要点を整理します。

⚠️ 共通の大原則：設定は「期初（年初）」に行うこと

両ソフトに共通する最大の注意点は、優良電子帳簿の機能をONにする以前に遡って履歴を取得することはできないという点です。優良な電子帳簿は会計期間（課税期間）を通じて取引を記録する必要があるため、令和9年分で75万円控除を受けたいなら、令和9年1月の記帳開始前に設定を完了させておく必要があります。年の途中や年末に気づいても、その年分は手遅れになります。

freee会計の場合

freee会計には「優良電子帳簿機能」が用意されており、これをONにして記録することで、電子帳簿保存法上の要件を満たした優良電子帳簿として保存できます。個人向けではスターター・スタンダード・プレミアムの各プランが対象です。

出典：freee ヘルプセンター「優良電子帳簿について」https://support.freee.co.jp/hc/ja/articles/11680857183897

💡 実務メモ：ONにしないと「その他の電子帳簿」扱い

freee会計は、優良電子帳簿機能をONにしなくても、帳簿を「その他の電子帳簿」として電子のまま保存できます（この場合は届出不要）。しかし、「その他の電子帳簿」では75万円控除も過少申告加算税の軽減も受けられません。「freeeを使っているから大丈夫」ではなく、設定が実際にONになっているかを必ず画面で確認してください。

マネーフォワード クラウド確定申告の場合

マネーフォワード クラウドでは、「仕訳履歴保存機能」を有効にすることで、優良な電子帳簿の要件である訂正・削除履歴の確保に対応できます。

出典：
マネーフォワード クラウド確定申告サポート「『優良な電子帳簿の要件』に対応するための操作を教えてください。」https://biz.moneyforward.com/support/ca-app/faq/e-book-faq/journal-app03.html
同「『記帳・帳簿の保存状況』の設定方法を教えてください。」
https://biz.moneyforward.com/support/tax-return/faq/documentation/classification.html

✅ ソフトを入れるだけでは足りない——3点セットで考える

両ソフトに共通しますが、会計ソフトが対応していることと、自社が要件を満たしていることは別です。実務上は、次の3つをセットで揃えて初めて適用が受けられます。
①ソフトの設定を期初にONにする
②事務処理規程を整備し、そのとおりに運用する
③期限までに届出書を提出する
特に②と③は利用者側の対応が必須で、ソフトが自動でやってくれるものではありません。

💡 実務メモ：Excel等で補助簿を作っている場合は要注意

freeeのヘルプでも触れられていますが、会計ソフト以外にExcelや他のソフトで売上管理・固定資産管理などを行っている場合、それが「補助簿」に該当する可能性があります。その場合、当該補助簿についても優良電子帳簿の要件（履歴記録・相互関連性・検索）を満たさなければ、軽減措置の適用は受けられません。「会計ソフトの外」で作っている管理表がないか、この機会に棚卸ししておくことをおすすめします。

4. 【重要】要件を満たすだけでは足りない——届出書が必要

ここが本記事でもっともお伝えしたいポイントです。優良な電子帳簿保存やデジタルシームレス保存の要件を満たしていても、それだけでは75万円控除は受けられません。

⚠️ 適用を受ける年分の確定申告期限までに届出書の提出を

75万円控除の適用を受けようとする場合、適用を受ける年分の確定申告期限までに、一定の届出書を所轄税務署長に提出する必要があります。システムを導入し要件を満たして運用していても、この届出を怠れば控除は適用されません。「対応したつもり」が最大のリスクです。

提出する届出書は、対応方法（ルート①か②か）によって異なります。

要件	提出する届出書
① 優良な電子帳簿保存	「国税関係帳簿の電磁的記録等による保存等に係る65万円（※）の青色申告特別控除・過少申告加算税の特例の適用を受ける旨の届出書」 又は 「国税関係帳簿の電磁的記録等による保存等に係る過少申告加算税の特例の適用を受ける旨の届出書」 （措規9条の6⑤等）
② 特定電子計算機処理システムによる電子取引データの保存	「電子取引の取引情報に係る電磁的記録に係る重加算税の加重措置の不適用の特例及び75万円の青色申告特別控除（個人事業者）の適用を受ける旨の届出書」 （措規9条の6⑧等）

（※）届出書の名称にある「65万円」の箇所は、令和9年3月頃に「75万円」へ変更される予定です。

✅ 届出書は「初年度のみ」の提出でOK

①②いずれの届出書についても、「取りやめの届出書」を提出するまで効力が継続します。したがって、75万円控除の適用初年度のみ提出すればよく、毎年提出する必要はありません。一度出しておけば以後は継続しますので、初年度の手続きさえ確実に行っておくことが肝心です。

5. いつまでに、何を準備すればよいか

適用は令和9年分の所得税からです。令和9年分の帳簿は令和9年1月から付け始めることになります。ここに注意が必要です。

⚠️ 「課税期間の最初の記録段階から一貫して」が要件

優良な電子帳簿の要件は、課税期間の最初の記録段階から一貫して満たしている必要があります。つまり、令和9年分で75万円控除を受けたいなら、令和9年1月1日の記帳開始時点で、すでに対応済みのシステムが稼働している必要があります。「年末に慌てて導入する」では間に合いません。準備は令和8年中に始めておくべきです。

今から進めておきたい準備を、順序立てて整理します。

💡 実務メモ：記帳を丸ごと任せている方こそ要注意

帳簿づけを税理士に一任している場合でも、優良な電子帳簿の要件を満たしているかどうかは、実際に使用している会計システムと運用に依存します。「先生に任せているから大丈夫だろう」と考えず、顧問税理士に「令和9年分から75万円控除を受けたいが、今の体制で要件を満たせるか」を早めに確認しておくことをおすすめします。届出書の提出も、誰がいつ行うのかを明確にしておくと安心です。

6. まとめ

今回の改正は、「デジタル対応を進めた事業者には手厚く、紙のままの事業者には厳しく」という方向性が明確に示されたものといえます。75万円という控除額は魅力的ですが、そこに至る要件は、会計システムの選定・設定・運用、そして届出書の提出という複数のステップで構成されています。どこか一つが欠けても適用は受けられません。

適用開始は令和9年分ですが、優良な電子帳簿は年初からの一貫した対応が求められるため、実質的な準備期限は令和8年中です。まだ時間があるように見えて、システムの導入と習熟を考えると決して余裕はありません。

当事務所はfreee認定アドバイザーとして、クラウド会計の導入支援から、優良な電子帳簿の要件を満たす設定・運用体制の構築、届出書の提出まで一貫してサポートしています。「今の体制で75万円控除が受けられるのか」「何から手をつければよいか」といったご相談は、準備期間のあるうちにお気軽にお寄せください。

75万円控除、今の体制で受けられますか？

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※本記事は2026年8月時点の情報に基づき、一般的な情報提供を目的として作成したものです。届出書の様式・名称は令和9年3月頃に変更される予定であり、また改正の細目については今後の政省令・通達等により明確化される部分があります。実際の適用にあたっては、必ず国税庁の最新の公表資料をご確認いただくか、当事務所にご相談ください。